Страдаю дурной привычкой. Как понять, что это рефлекс, а не реальная проблема?

Здравствуйте. Вряд ли это рефлекс. Скорее компульсивное (неконтролируемое разумом действие). Если это вам мешает (могу предположить, что это не очень красиво), то это проблема и можно постараться и убрать.

Какие для начала дадите рекомендации по удалению этой привычки?

В формате переписки такое трудно убрать. Есть два пути: идти в анализ, искать истоки и с ними работать; или по принципу гештальт-психологии уделить внимание и поработать с этим как с симптомом. Это надо очно или по скайпу.
Ну или надо заменить эту привычку на другую. Руки в карманах или пальцы в замок или сплетать на груди... Это уже не психология.