Объясняйте ему каждый раз как здоровуются мужчины и мальчики, напоминайте, что это такой элемент приветствия.
Возможно, он хочет скопировать приветствие в семье
Скорее всего, так и есть. Купите энциклопедию для мальчиков от 6 лет. Там про такие вещи хорошо написано. Пусть читает.
Также можно говорить и о том, что так здороваться могут только очень близкие люди, например, родственники. Более того, чужим людям, коим является одноклассник может это очень непонравится. Что его реакция на его такое приветсвие можеть быть разной (физическая агрессия, например). Поэтому лучше не провоцировать и не создавать себе неприяности.
Спросите, когда будет к месту этот вопрос, о том, что он хочет этим жестом показать этому мальчику, почему именно этот мальчик, а с другими детьми он как здоровается, почему не так, как с тем мальчиком? Ваша задача задать вопрос и слушать. Не давайте оценок и обратной связи.